Nustatyti PGR pradmenų prisijungimo vietas duotame DNR fragmente ir suskaičiuoti pagausinamo DNR fragmento ilgį nukleotidais.
Žemiau yra pateikta APP geno 7-o egzono DNR seka (pažymėta pilkai), kurio pagausinimui buvo sukurti pradmenys. Čia yra pateikiama viena koduojanti DNR grandinės seka (be komplementarios antros grandinės sekos).
PRADMENYS:
Pirmas pradmuo: 5‘ TGCCACTGGGAGGATTAAAA 3’
Antras pradmuo: 5‘ CCCAAGAACCAGGAAAATCA 3’
APP geno 7-o egzono DNR seka:

APRAŠYMAS:
PGR (polimerazės grandininė reakcija) yra DNR pagausinimo metodas, kuris labai plačiai taikomas įvairiuose ne tik genetiniuose, bet ir bendrai biologiniuose tyrimuose. PGR esmė yra dviejų pradmenų prisijungimas komplementarumo principu (principo esmė, kad guanino nukleotidas visada poruojasi t.y. sudaro vandenilines jungtis su citozino nukleotidu, o adenino su timinu) prie skirtingų DNR grandinės sričių ir polimerazės fermento pagalba ilginant pradmenis yra pagausinamas fragmentas tarp pasirinktų pradmenų (pav.1).

PAAŠKINIMAS:
Pradmenys turi apimti visą egzoną, vadinasi pirmasis pradmuo „kabinsis“ kažkur prieš egzoną, o antrasis – už egzono pabaigos t.y. intronuose. Kadangi pradmenys sukurti jungtis prie skirtingų DNR grandinių, vadinasi pirmojo pradmens DNR seka atitiks duotą nukleotidų seką pvz. pradmuo AATGC kabinsis prie sekos AATGC. Antrasis pradmuo yra sukurtas vadinamajai matricinei sekai, vadinasi jo komplementari seka turi būti atvirkštinė duotai DNR sekai ir skaitoma į kitą pusę t.y. pradmens seka CATTA kabinsis prie sekos, kuri yra TAATG (pav.2).